おいも貴婦人ブログ

生物系博士課程満期退学をしたAIエンジニアのブログ。

論文紹介

Computational Protein Design with Deep Learning Neural Networks

論文要約 タンパク質のアミノ酸種類予測タスク(半教師ありみたい) 最高精度38.3% 先行研究より3%アップ www.nature.com

ヒト胚を用いたCRISPR/Cas9による遺伝子改変(2015)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 CRISPR/Cas9-mediated gene editing in human tripron…

6量体ヘリカーゼのDNAトランスロケーションにおけるメカニズム(2006)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Mechanism of DNA translocation in a replicative he…

Newton Inversion Methods による粗視化DNAモデル(2014)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 A Solvent-Mediated Coarse-Grained Model of DNA Der…

生体分子のシミュレーションにおけるImplicit溶媒モデルの適用と開発(2014)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Design and application of implict solvent models i…

T4のDNAパッケージングモーターによって生み出される力が静電力学である証拠(2014)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Evidence for an electrostatic mechanism of force g…

粗視化力場を最適化するための遺伝的アルゴリズム(2013)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Evolutionary Algorithm in the Optimization of a Co…

生体分子のための粗視化とall-atomの両方を含むポテンシャルの開発(2014)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Resolution-Adapted All-Atomic and Coarse-Grained M…

Cell(キャプシドにDNAが挿入されるときのDNAパッケージングモーターは、そのDNAの配向とサブユニットの配置を保つためにステップサイズを変える)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 A Viral Packaging Motor Varies Its DNA Rotation an…

Nature Article(Φ29バクテリオファージのDNAパッケージングモーターの構造)

Structure of the bacteriophage Φ29 DNA packaging motor(2000) 要約

Nature Review(尻尾をもつバクテリオファージのDNA-パッケージングモーター)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 The DNA-packaging nanomotor of tailed bacteriophag…

PNAS(強固なサブユニットの配置が協力なDNAモーターを生み出す)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Strong subunit coordination drives a powerful vira…

PNAS(ブンヤムウェラ‐ウイルスは、ゲノムのカプセル化を促進する明確な核化キャプシドタンパク質を持つ)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Bunyamwera virus possesses a distinct nucleocapsid…

BJ(ウィルスキャプシド(殻)中のDNAのエントロピー、エネルギーと曲がり)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Entropy, Energy, and Bending of DNA in Viral Capsi…

Biochemistry(ウィルスRNAゲノムの長距離構造)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Long-Range Architecture in a Viral RNA Genome 要約…

JCTC (ポアソンボルツマン理論を使った変形 Implicit 溶媒モデル)

Variational Implicit Solvation with Poisson−Boltzmann Theory 以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると…

Bioinfomatics(タンパク質コンタクトマップ予想のためのDeep architectures)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Deep architectures for protein contact map predict…

Structure-Cell(レセプターに結合する正二十面体の異方的な構造がゲノムの放出のメカニズムを提案する。)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 The Asymmetric Structure of an Icosahedral Virus B…

PNAS(はしかウィルスの核タンパク質におけるフォールディングと結合の関係のマルチスケール探索)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Multiscaled exploration of coupled folding and bin…

Current Opinion in Structural Biology(タンパク質フォールディングのための粗視化モデルはタダのおもちゃか?それとも予測法として使えるか?)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Coarse-grained models of protein folding: toy mode…

JCTC(CD法を使った一般的粗視化力場の有効なパラメータの推定)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Efficient Parameter Estimation of Generalizable Co…

Nature Cell biology(NSCのプロテオミクスがDNA複製中におけるクロマチンのダイナミクスを決定し、未知のフォーク部分を特定する)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Nascent chromatin capture proteomics determines ch…

JCTC(all-atomの精度を維持して、マルチスケールを定式化する方法)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Multiscale Factorization Method for Simulating Mes…

JMB(ウィルスゲノムの一本鎖RNAはt=3キャプシドへの形成経路を決める)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Viral Genomic Single-Stranded RNA Directs the Path…

JMB(一本鎖RNA植物ウィルスの異方的なRNAの中間状態の単離)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Isolation of an Asymmetric RNA Uncoating Intermedi…

JACS(Charge Detection Mass Spectrometryを使ったウィルスアセンブリの後期の構造の検出)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Detection of Late Intermediates in Virus Capsid As…

JMB(有利な組織化のための簡単なルールが、キャプシド内のウィルスRNAの配置を予測する。)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Simple Rules for Efficient Assembly Predict the La…

PNAS(タンパク凝集の始まりと分岐のための自由エネルギー地形)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Free energy landscapes for initiation and branchin…

PNAS(タンパク質相互作用のための予測的なエネルギー地形)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Predictive energy landscapes for protein–protein a…

PNAS(マルチドメインタンパク質のエネルギー地形における不安定性)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Frustration in the energy landscapesprotein misfol…