おいも貴婦人ブログ

生物系博士課程満期退学をしたAIエンジニアのブログ。

論文紹介

Nature Article(タンパク質の進化と凝集における、配列多様性の重要性)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。この記事の要約は日本語翻訳されています。以下のURLで…

BJ(化学修飾や結晶構造と一致するサテライトタバコモザイクウィルスのRNAの2次構造の集団)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Ensemble of Secondary Structures for Encapsidated …

BJ(ウィルスキャプシドの動力学の局所的なルールのシミュレーション)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Local Rules Simulation of the Kinetics of Virus Ca…

PNAS(複雑なタンパク質であるadenylate kinaseと2out-knotの複数のフォールディング経路とエネルギー表面)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Energy landscape and multiroute folding of topolog…

JCIM(MM/PBSAとMM/GBSAの評価:MDを基にした結合自由エネルギーの正確性)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 (JCIM)Assessing the Performance of the MM/PBSA and…

全原子シミュレーションにおいて、天然コンタクトがタンパク質のフォールディングを決定する

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Native contacts determine protein folding mechanis…

JCTC(タンパク質間相互作用における、タンパク質の異方性の影響)

全原子計算をやるなら、タンパク質の異方性なんて関係ないのでは?なぜなら、タンパク質間の相互作用をすべて含んでいるなら、その中に異方性の寄与も含まれていて当然である思う。この論文における異方性の影響はどこからくるのか?ただ単にポテンシャルの…

Nature Communications(Orientation-sensitive terahertz near-filed microscopyを使ったタンパク質の長距離の振動)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Optical measurement of long-range protein vibratio…

Nature Article(リボソームの自己集合、アセンブリ、形成における30Sの初期段階について)

大腸菌リボソームのアセンブリ(Assembly)に関して書かれている論文を紹介します。生体分子の自己集合に関心があるので、そのテーマに関連する論文を紹介していきたいと思います。以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確…

リボソームの会合(アセンブリ、形成過程、集合)について

リボソームは、tRNAからタンパク質を翻訳する生体タンパク質です。その分子量は、大腸菌で2.7 MDa、哺乳類で4.6 MDaになる。巨大なタンパク質である(ちなみに、タイチンが一番でかい)。2009年のノーベル化学賞は、『リボソームの構造と機能の研究』をテーマ…