おいも貴婦人ブログ

生物系博士課程満期退学をしたAIエンジニアのブログ。

2014-03-01から1ヶ月間の記事一覧

LINUXカーネル(LINUXを理解するために(1))

オペレーティングシステムの基礎概念 ハードウェアプラットフォームの構成要素である低水準のプログラマブルなハードウェアを制御する. コンピュータシステム上で実行するアプリケーション(いわゆるユーザプログラム)に実効環境を提供する。 MS-DOSでは、ハ…

PNAS(ブンヤムウェラ‐ウイルスは、ゲノムのカプセル化を促進する明確な核化キャプシドタンパク質を持つ)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Bunyamwera virus possesses a distinct nucleocapsid…

BJ(ウィルスキャプシド(殻)中のDNAのエントロピー、エネルギーと曲がり)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Entropy, Energy, and Bending of DNA in Viral Capsi…

Biochemistry(ウィルスRNAゲノムの長距離構造)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Long-Range Architecture in a Viral RNA Genome 要約…

JCTC (ポアソンボルツマン理論を使った変形 Implicit 溶媒モデル)

Variational Implicit Solvation with Poisson−Boltzmann Theory 以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると…

Bioinfomatics(タンパク質コンタクトマップ予想のためのDeep architectures)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Deep architectures for protein contact map predict…

Structure-Cell(レセプターに結合する正二十面体の異方的な構造がゲノムの放出のメカニズムを提案する。)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 The Asymmetric Structure of an Icosahedral Virus B…

PNAS(はしかウィルスの核タンパク質におけるフォールディングと結合の関係のマルチスケール探索)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Multiscaled exploration of coupled folding and bin…

Current Opinion in Structural Biology(タンパク質フォールディングのための粗視化モデルはタダのおもちゃか?それとも予測法として使えるか?)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Coarse-grained models of protein folding: toy mode…

JCTC(CD法を使った一般的粗視化力場の有効なパラメータの推定)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Efficient Parameter Estimation of Generalizable Co…

Nature Cell biology(NSCのプロテオミクスがDNA複製中におけるクロマチンのダイナミクスを決定し、未知のフォーク部分を特定する)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Nascent chromatin capture proteomics determines ch…

JCTC(all-atomの精度を維持して、マルチスケールを定式化する方法)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Multiscale Factorization Method for Simulating Mes…

公開鍵暗号・ディジタル著名の基礎理論(セキリュティを理解するために(3))

参考文献を文末に記載しています。 単語の確認 公開鍵暗号・ディジタル著名の基礎理論の概要 公開鍵暗号やディジタル著名などの公開鍵系スキームは、その安全性を数学的問題の難しさを利用している。 素因数分解問題:これは素元分解環で元を素元の積に書き表…

JMB(ウィルスゲノムの一本鎖RNAはt=3キャプシドへの形成経路を決める)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Viral Genomic Single-Stranded RNA Directs the Path…

JMB(一本鎖RNA植物ウィルスの異方的なRNAの中間状態の単離)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Isolation of an Asymmetric RNA Uncoating Intermedi…

JACS(Charge Detection Mass Spectrometryを使ったウィルスアセンブリの後期の構造の検出)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Detection of Late Intermediates in Virus Capsid As…

JMB(有利な組織化のための簡単なルールが、キャプシド内のウィルスRNAの配置を予測する。)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Simple Rules for Efficient Assembly Predict the La…