Caの原子番号を取得する gmx make_ndx -f filename.gro コマンドライン上で3のCa選ぶ。quitすると、index.ndxが出力される。 そのファイルの[ C-alpha ]の部分だけを残し、知りたい原子間のみを残す(偶数個でないとダメ)。以下は例 [ C-alpha ] 1 2 原子間の…

この間、紹介したMDanalysisを使って、RMSFを求めてみたところ、やけに大きな値が出てたのでずっと疑問に思っていました。念のために gmx rmsf -f trajectory.file -s toplogy.file で計算した結果と比べてみると明らかに異なってました（10倍くらい...。）(…

http://cgmartini.nl/cgmartini/ Martini 力場は分子動力学計算のための粗視化力場です。平均的に、4つの重原子を1つの粒子に置き換えます。この力場はシステマティックに決められて、極性と非極性の多くの化学複合体における自由エネルギー分割の再現に基づ…

今回はMD計算がどのように実行されるかを中心に読んでいく。引数は省略。変数t_stateを追えば、Gromacsのkernelが見えてくるはず！ ディレクトリ gromacs-4.6.5/src/kernel mdrun mdrunはGROMACSに含まれる主要な計算化学エンジンである。分子動力学計算に加…

どのようにpdbファイルを読み込むかを中心にreadingしていく。引数は省略。 ディレクトリ gromacs-4.6.5/src/kernel pdb2gmx.c cmain() read_pdball() get_str_coordnum() init_t_atoms():typedef.c(atomを初期化） snew() /src/gmxlib/confio.c:read_stx_co…

この記事では、intelコンパイラーは既にインストール済みで、パスが通っていることを前提にしております。まずは、GROMACSのソースの入手し、圧縮ファイルを展開します。 $wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.6.5.tar.gz tar xvfz gromacs-4.…