はい。こんにちわ。CentOS7系でsysctmlとかfirewalldとかの体系的な説明が欲しくて文末の本を購入しました。すごく分厚いですが、今までOSの勉強をあまりしてこなかった自分にとってはスゴくイイ本だと思われます。 今、振り返ってみると生物系の本を全然買…

前回、Jenkinsをインストールしたので、引き続きTracをインストールしましょう。前回の環境に引き続き sudo yum install python-setuptools python-devels httpd-devel mod_wsgi sudo easy_install pip sudo pip install trac /var/trac/trac.wsgiを作成し、…

やっぱりコードの管理って大切。もちろん、研究においては個人の研究の管理もしっかりしたい。ということで、JenkinsとTracをvagrantを使ってインストールしましょう。OSは新しいければ新しい程いいという、根拠も何もない立場からCentOS6.4を使います。6.6…

「構造化並列プログラミング」を読んでいて、やっぱりコンピューターの内部構造についてしっかり知識を付けておかないとなーっと思い、下記の本を購入しました。本に関しては、財布の紐がゆるゆるです...。ヘネパタの本を買おうかと思ったのですが、いきなり…

以下、大嘘！調査中！ PDBのファイルは書式が指定されています。そんなとき、splitや文字列の何文字目から何文字目までを配列の引数として指定するのは面倒です。てことで書式を指定して、読み込みましょう。(pdbを読み込むならProDyを使いましょう。PDBを読…

個人で、プログラミングをしている人って、テストがいい加減だったりします。（私のことです。） しっかり管理しましょう。おすすめのブログを発見したので、ご紹介。（グーグル先生に「テスト Python」で聞けば、一番最初に表示されます。） Python nose で…

最近、以下の本に知りたいと思っていることが多々載っていることに気付いた。中級者向けのpython本なので、やっと晴れて中級者になったのかな？普段からPythonを使い、文末のキーワードについて考えたことがある人にオススメの本です。二冊紹介しますが、記…

どうやら、Pythonには数値計算パッケージを集めたAnacondaなるものがあるらしい。Continuum Analyticscontinuum.io

グラフィカルにPDBをいじりたい時が誰しもあるものです。例えば、アミノ酸を掴んでちょっと移動や回転をさせるとか...。(PyMolで出来ます。)グーグルで'pdb editting'で調べると以下のソフトが...。 http://www.bioinformatics.org/pdbeditor/wiki/ ダウンロ…

ProDyを使って2つのpdbファイルを重ね合わせをして、結果のpdbファイルを書き出してみましょう。 1Z14.pdbにmodel1Z14.pdbを重ね合わせたいとと思います。1Z14.pdbは、N末端から38残基までの結晶構造がありません。model1Z14.pdbは、そのN末端をModellerを使…

ProDy — Protein Dynamics and Sequence Analysis ProDyとは、オープンソースのタンパク質の構造的なダイナミクスを解析するパッケージです。(直訳気味) ここでは、ProDyの簡単な使い方を紹介したいと思います。 早速インストール pip install prody pipでイ…

クラス内の変数にまとめてアクセスしたい時が多々あると思います。そう、私はあります。 そんなときに便利な__dict__が以下になります。この__dict__はクラス内の変数をディクショナリとして返してくれます。（もちろん。.keys()を使えば、クラスないの変数…

こんな感じ。オシャンティーです。何故か使えないマークダウンがあるので、追々調査します。

Welcome to django-helpdesk’s documentation! — django-helpdesk 0.1 documentationてことで、研究の進捗を管理しましょう。よくあるチケット管理システムは主にバグ管理システムも付いていてなんだかややこしそう。単純にちょっと高機能なTODOを使いたなら…

Pythonを使っていて、可変長引数を受け付ける関数でも、関数に代入する時点で引数を指定しなければならない。何を言っているのかと言うとコードを見てもらうと分かりやすいと思います。例えとして、setuptools.productを使う。 setuptools.productはこんな感…