今回はMD計算がどのように実行されるかを中心に読んでいく。引数は省略。変数t_stateを追えば、Gromacsのkernelが見えてくるはず！ ディレクトリ gromacs-4.6.5/src/kernel mdrun mdrunはGROMACSに含まれる主要な計算化学エンジンである。分子動力学計算に加…

どのようにpdbファイルを読み込むかを中心にreadingしていく。引数は省略。 ディレクトリ gromacs-4.6.5/src/kernel pdb2gmx.c cmain() read_pdball() get_str_coordnum() init_t_atoms():typedef.c(atomを初期化） snew() /src/gmxlib/confio.c:read_stx_co…

この記事では、intelコンパイラーは既にインストール済みで、パスが通っていることを前提にしております。まずは、GROMACSのソースの入手し、圧縮ファイルを展開します。 $wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.6.5.tar.gz tar xvfz gromacs-4.…