前回に引き続き、ProDyの記事。計算機で算出されるRMSFとPDBのB-factorはよく比較されます。結晶構造のB-factorが必ずしも正しいと言うわけではないですが...。新しいポテンシャルを開発した時などは結晶構造の揺らぎを再現出来ているかなど、一応チェックが…

ProDyを使って2つのpdbファイルを重ね合わせをして、結果のpdbファイルを書き出してみましょう。 1Z14.pdbにmodel1Z14.pdbを重ね合わせたいとと思います。1Z14.pdbは、N末端から38残基までの結晶構造がありません。model1Z14.pdbは、そのN末端をModellerを使…

ProDy — Protein Dynamics and Sequence Analysis ProDyとは、オープンソースのタンパク質の構造的なダイナミクスを解析するパッケージです。(直訳気味) ここでは、ProDyの簡単な使い方を紹介したいと思います。 早速インストール pip install prody pipでイ…