Current Opinion in Structural Biology(タンパク質フォールディングのための粗視化モデルはタダのおもちゃか?それとも予測法として使えるか?)
以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。
Coarse-grained models of protein folding: toy models or predictive tools?
要約
- 粗視化モデルは、長時間におこるタンパク質のフォールディングを特徴づけるための全原子シミュレーションの実用的な代替方法として、活躍してきている。
- タンパク質
- 10年前には、最小限のおもちゃモデルはタンパク質のフォールディングを制御している原理の上で一般的な過程を確かめるためにデザインされた。一方、最新の粗視化モデルはよりリアルであり、ある特定のタンパク質の詳細なフォールディング過程の特徴を定量的に特徴づけるために使われている。
- フォールディングダイナミクスの重要な特徴を再現できるそのようなモデルは、全原子レベルの自由度がそれだけで特にタンパク質のフォールディングに関連があるのでないことを提案し、統計力学的なアプローチがフォールディング転移を特徴づけることを指示している。
- より洗練されたモデルと実験結果を合わせたとき、粗視化モデルを使うことによって、タンパク質系や複合体のシステマティックな研究が、タンパク質が構成要素として存在する環境下で、形成される複雑なタンパク質間ネットワークから生じる実際の組織化の原理の理論的な理解を進めることができる。