PNAS(タンパク質相互作用のための予測的なエネルギー地形)
以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。
Predictive energy landscapes for protein–protein association (2012)
要約
- エネルギー地形理論を使って最適化されたAWSEMを使って、タンパク質間の関連を調べた。
- 二量体のデータベースのためにファネル状にしたオリジナルのポテンシャルを、さらにモノマーのときにフォールドするように最適した。
- 分子間を予測するためのモデルの能力は前まで確かめられていなかった。
- このモデルのSimulated annealingは、8つのホモ二量体と4つのヘテロ二量体の分子間の境界を予測することに成功し、さらにこれはフレキシブルなドッキングアルゴリズムとなる。
- 次に、ホモ二量体の相互作用過程において、比較的に重要なモノマーの配置、柔軟性、非天然の分子間相互作用を調べた。
- モノマーの分子表面の構造は、分子間が結合するため表面を決めるのに重要であることが分かったが、十分ではない。
- water-mediated potentialよりもむしろ、単一な結合エネルギーを使うことは、表面構造的では有利だが、AWSEM的では不利であるミス結合のサンプリングをする結果を生む。
- 結合していないモノマーの安定性に依存して、非天然コンタクトは表面の相互作用にさまざまな役割を果たす。
- 安定ではないモノマーのために、非天然コンタクトによって安定化されている状態は、一般的に、分子間結合の邪魔をするようなトラップ状態となる。
