二つの文字列の非類似度を定義する。ある記号列str1とstr2がり、str2をa個入れ替えてb個挿入し、c個削除することでstr1が得られるとき、そのときのレーベンシュタイン距離は以下になる。 \( WLD(str1,str2) = min(p a+q b+r c) \) ここで、p,q,rは重みパラメ…

cudaで正方行列の積を計算してみた。ヘッダファイルのbook.hについては下記の本を参照してください。 sharedメモリを使うと高速に計算できるらしい。CUDA by Example 汎用GPUプログラミング入門作者: Jason Sanders,Edward Kandrot,株式会社クイープ出版社/…

Newral network(NN)を組んでみました。統計学や機械学習の分野で有名なiris.dataを用い、NNの正当性を評価しました。iris.dataは150行からなり、1行ずつに、一つのアヤメの分類と特徴が書いてあります。アヤメは３種類に分類され、4つの特徴があります。行の…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 A Viral Packaging Motor Varies Its DNA Rotation an…

Structure of the bacteriophage Φ29 DNA packaging motor(2000) 要約