分子動力学を理解するために、pythonでLJポテンシャルを持つ粒子のコードを書いてみました。pythonで書いた理由は、楽だからです。設計も何も考えずに書くには、スクリプト言語が最適ですね。以下のコードは、周期境界条件やその他諸々の効果が抜けておりお…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Free energy landscapes for initiation and branchin…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Predictive energy landscapes for protein–protein a…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Frustration in the energy landscapesprotein misfol…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。この記事の要約は日本語翻訳されています。以下のURLで…

参考文献を文末に記載しています。 単語の確認 ブロック暗号 DES、AESとか、ヨクワカラン。特にS関数、F関数の特徴抽出に関しては下記の参考文献を参考にしてください。

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Ensemble of Secondary Structures for Encapsidated …

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Local Rules Simulation of the Kinetics of Virus Ca…

前置き Nature articleを読んだときにFRETが理解できていなかったので、一分子計測について勉強しました。私なりにまとめた記事ですので、正確性を欠きます。参考文献を文末に記載していますので、参考にしてください。 問 FRET効率だけを示せばよいが、どう…

参考文献を文末に記載しています。 線形識別モデル

参考文献を文末に記載しています。 多成分系の熱力学 化学ポテンシャル 系にi成分存在するときに、第C成分が著しく多い時に、それを溶媒と呼び、残りの第1,2,3...を溶質と呼ぶ。 溶媒は化学ポテンシャルの絶対値を定めるときに基準値として用いるので系の基…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Energy landscape and multiroute folding of topolog…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 (JCIM)Assessing the Performance of the MM/PBSA and…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Native contacts determine protein folding mechanis…

単語の確認 情報セキュリティ:情報やシステムの安全性 機密性:秘密を守ること 完全性:情報の偽造や改ざん、破壊を防止すること 可用性:情報を利用できる性質のこと 情報セキュリティを脅かす脅威に対する対処 抑止:脅威が発生する可能性を軽減すること 防止:…

全原子計算をやるなら、タンパク質の異方性なんて関係ないのでは？なぜなら、タンパク質間の相互作用をすべて含んでいるなら、その中に異方性の寄与も含まれていて当然である思う。この論文における異方性の影響はどこからくるのか？ただ単にポテンシャルの…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Optical measurement of long-range protein vibratio…

大腸菌リボソームのアセンブリ(Assembly)に関して書かれている論文を紹介します。生体分子の自己集合に関心があるので、そのテーマに関連する論文を紹介していきたいと思います。以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確…

リボソームは、tRNAからタンパク質を翻訳する生体タンパク質です。その分子量は、大腸菌で2.7 MDa、哺乳類で4.6 MDaになる。巨大なタンパク質である(ちなみに、タイチンが一番でかい)。2009年のノーベル化学賞は、『リボソームの構造と機能の研究』をテーマ…

高校、学部の時、生物を履修していると物理の基礎的なことをすぐ忘れてしまう。何を理解しているか、また何を理解していないのかを書き出していく。また、疑問をもちながら進んでいくようにする。 使用しているテキストは砂川さん(物理テキストシリーズ)と太…

等温滴定型カロリメトリー(isothermal titration calorimetry, ITC) 生体分子間の結合反応に関する熱力学量が得られる。 反応系カロリメトリーとして、他に、バッチ型、フロー型がある。 示差走査熱量測定(differential scanning calorimetry, DSC) 生体高分…