この間、紹介したMDanalysisを使って、RMSFを求めてみたところ、やけに大きな値が出てたのでずっと疑問に思っていました。念のために gmx rmsf -f trajectory.file -s toplogy.file で計算した結果と比べてみると明らかに異なってました（10倍くらい...。）(…

gromacsの計算結果から、MDAnalysisを使ってRMSFを求めてみる。非常に簡単!!! #!/usr/bin/env python import MDAnalysis from MDAnalysis.analysis.rms import RMSF topology='md_0_1.gro' ## PSF,CRD,PDB,GRO trajectory='md_0_1.trr' ## DCD,XTC/TRR unive…