おいも貴婦人ブログ

生物系博士課程満期退学をしたAIエンジニアのブログ。

JCTC (ポアソンボルツマン理論を使った変形 Implicit 溶媒モデル)

Variational Implicit Solvation with Poisson−Boltzmann Theory

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。

要約
  • 水溶媒中での帯電分子のための溶媒のための変形implicit-solventモデル(VISM)にポアソンボルツマンの理論を組み込んだ。
  • level-setの方法をによって、VISMの自由エネルギー汎関数を計算的に簡単にするために、ポアソンボルツマン方程式を解くためと境界の力を計算するために精度の高い方法を開発した。
  • ある分子の系に対して疎水的な水和に対しての電荷の影響と溶媒の平均和力の解析のためにVISM-PBを使った。
  • 上の系では、単電荷と2つの電荷を持つ球と電荷を持つ平面そしてホストとゲストの関係にある分子に対して解析を行った。
  • 結果として、新しい方法は多層の水和層の振る舞いと疎水的な制限において電荷のための細管蒸発の敏感な反応を捕まえることが出来たし、結合定数を正確に予測することが出来た。