BJ(化学修飾や結晶構造と一致するサテライトタバコモザイクウィルスのRNAの2次構造の集団)

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。

Ensemble of Secondary Structures for Encapsidated Satellite Tobacco Mosaic Virus RNA Consistent with Chemical Probing and Crystallography Constraints(2011)

要約

• 複製、翻訳、カプセル化などに伴い、ウィルスのRNAは様々な構造をとる。
• サテライトタバコモザイクウィルスの結晶構造には、30個のRNAヘリックスが観察できる。
• このデータはカプセル化したときのRNAの二次構造に制限をかける。
• 自由エネルギーを最小化するRNAの2次構造は結晶構造のデータと一致しない。
• RNAとタンパク質の相互作用は、アセンブリ構造の安定性に寄与するし、アセンブリ過程はフォールディング過程を優先させる。
• Helix Find & Combine, Crumple, Sliding Windows and Assemblyを使ってカプセル化したウィルスのRNAの2次構造を評価した。
• 実験データやcotranscriptional folding and assemblyと一致した全ての可能なヘアピン構造を作ることができた。
• 実験データと一致しているヘアピンの組み合わせは構造の集団を表している。