今回はMD計算がどのように実行されるかを中心に読んでいく。引数は省略。変数t_stateを追えば、Gromacsのkernelが見えてくるはず！ ディレクトリ gromacs-4.6.5/src/kernel mdrun mdrunはGROMACSに含まれる主要な計算化学エンジンである。分子動力学計算に加…

C-x C-fEmacsで上記のコマンドを入力すれば、ファイルを開くことが出来ます。URLの上で上記のコマンドを入力すると、そのURLを開いてくれる機能があり、その機能をC言語の開発に応用するのが、この記事の目的です。 #include "hoge.h" さて、目標とする挙動…

どのようにpdbファイルを読み込むかを中心にreadingしていく。引数は省略。 ディレクトリ gromacs-4.6.5/src/kernel pdb2gmx.c cmain() read_pdball() get_str_coordnum() init_t_atoms():typedef.c(atomを初期化） snew() /src/gmxlib/confio.c:read_stx_co…

$nvcc tmp.cu --compiler-bindir icc ビルド出来たら、終了…。 出来ない場合↓

この記事では、intelコンパイラーは既にインストール済みで、パスが通っていることを前提にしております。まずは、GROMACSのソースの入手し、圧縮ファイルを展開します。 $wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.6.5.tar.gz tar xvfz gromacs-4.…

Hopfieldはアメリカの物理学者J.J. Hopfieldによって提唱された。一種の連想記憶モデルであり、パターンを学習させると、そのパターンを再起するというものである。Hopfieldネットワークは相互結合型のネットワークで、1つのノードは他のすべてのノードとつ…

サモンのマップ化とは、高次元特徴ベクトルを持つデータを２次元にマッピングして、クラスタリングする方法です。誤差関数を以下のように定義する。 \(E=\frac{1}{\sum_i \sum_{j>i}d_{ij}} \sum_i \sum_{j>i}d_{ij} \frac{(d_{ij}-||{\bf r}_i -{\bf r}_j||…

pythonのパッケージをお手軽にインストールできる。pipをインストールするためにsetuptoolsをインストールする。 sudo curl https://bootstrap.pypa.io/ez_setup.py -o - | python後は簡単、 sudo easy_install pippip の使用例: networkxのインストール sud…

二つの文字列の非類似度を定義する。ある記号列str1とstr2がり、str2をa個入れ替えてb個挿入し、c個削除することでstr1が得られるとき、そのときのレーベンシュタイン距離は以下になる。 \( WLD(str1,str2) = min(p a+q b+r c) \) ここで、p,q,rは重みパラメ…

cudaで正方行列の積を計算してみた。ヘッダファイルのbook.hについては下記の本を参照してください。 sharedメモリを使うと高速に計算できるらしい。CUDA by Example 汎用GPUプログラミング入門作者: Jason Sanders,Edward Kandrot,株式会社クイープ出版社/…

Newral network(NN)を組んでみました。統計学や機械学習の分野で有名なiris.dataを用い、NNの正当性を評価しました。iris.dataは150行からなり、1行ずつに、一つのアヤメの分類と特徴が書いてあります。アヤメは３種類に分類され、4つの特徴があります。行の…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 A Viral Packaging Motor Varies Its DNA Rotation an…

Structure of the bacteriophage Φ29 DNA packaging motor(2000) 要約

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 The DNA-packaging nanomotor of tailed bacteriophag…

Viruses: Sophisticated Biological Machines

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Strong subunit coordination drives a powerful vira…

https://github.com/purcell/exec-path-from-shell からexec-path-from-shell.el をダウンロードし、 ~/emacs.d/にコピーする。 emacs.elに下記の内容を付け加える。 (require 'exec-path-from-shell) (when (memq window-system '(mac ns)) (exec-path-from…

下記からソースをダウンロードする。 http://wiki.qemu.org/Main_Page ソースを展開する tar xfj qemu-2.0.0.tar.bz2展開したディレクトリに移動し ./configureを実行する。 ERROR: pkg-config binary 'pkg-config' not foundpkg-configがないらしいので、イ…

プロセス/カーネルモデル システムコール:カーネルモードを使用するための特殊なプログラミング手続き カーネルスレッド カーネルモードで動作 端末デバイスを必要としない シャットダウンされるまで動作する カーネルルーチン プロセスによるシステムコール…

ファイル バイトの列として構造化された情報の器 ハードリンクとソフトリンク ハードリンクの二つの制限:ディレクトリのハードリンクを作成することはできない。同じファイルシステム内に含まれているファイルに対してのみ作成可能 ファイルの種類 通常ファ…

オペレーティングシステムの基礎概念 ハードウェアプラットフォームの構成要素である低水準のプログラマブルなハードウェアを制御する. コンピュータシステム上で実行するアプリケーション(いわゆるユーザプログラム)に実効環境を提供する。 MS-DOSでは、ハ…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Bunyamwera virus possesses a distinct nucleocapsid…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Entropy, Energy, and Bending of DNA in Viral Capsi…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Long-Range Architecture in a Viral RNA Genome 要約…

Variational Implicit Solvation with Poisson−Boltzmann Theory 以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Deep architectures for protein contact map predict…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 The Asymmetric Structure of an Icosahedral Virus B…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Multiscaled exploration of coupled folding and bin…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Coarse-grained models of protein folding: toy mode…

以下に書いたものは、論文を基にした私の理解なので、正確性を欠きます。正確な情報を知りたい場合は、下記の論文を参照してください。また、下記の論文の図を参照することで、理解が深まると思います。 Efficient Parameter Estimation of Generalizable Co…