分子動力学計算ソフト:GROMACS4.6.5のインストール(INTEL compiler, MKL使用)

この記事では、intelコンパイラーは既にインストール済みで、パスが通っていることを前提にしております。

まずは、GROMACSのソースの入手し、圧縮ファイルを展開します。

$wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.6.5.tar.gz
tar xvfz gromacs-4.6.5.tar.gz

intelのフーリエ変換ライブラリをビルドする。

$sudo /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/mkl/interfaces/fftw3xc# make libintel64

次に、cmakeを実行する。(cmakeはconfigureみたいなもの。ビルドするためにライブラリの依存関係や実行環境を調べる）

cd cmake
cmake .. -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DGMX_MPI=OFF -DCMAKE_C_COMPILER=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/bin/intel64/icc -DCMAKE_CXX_COMPILER=icpc -DGMX_GPU=OFF

最後にPATHを通す。.bashrcまたは.bash_profileに以下の1行を付け加える。

export PATH=$PATH:~/Gromacsをインストールしたディレクトリ/bin