GROMACSのコードリード(code reading)(2)

今回はMD計算がどのように実行されるかを中心に読んでいく。引数は省略。変数t_stateを追えば、Gromacsのkernelが見えてくるはず！
ディレクトリ gromacs-4.6.5/src/kernel

mdrunはGROMACSに含まれる主要な計算化学エンジンである。分子動力学計算に加え、確率動力学(多分、ブラウニアンダイナミクスのこと)、エネルギー最小化、粒子挿入、種々のエネルギーの再計算、基準振動解析を実行することが出来る。
mdrunは、-sの引数としてinputファイルを読み込み、必要ならtopologyファイルを書き出す。mdrunは、少なくとも4つのアウトプットファイルを書き出す。書き出されるファイルの1つにlogファイルがあり(-g)、これは各ノードで書き出される。必要でない場合-seppotオプションを指定する。トラジェクトリファイルには(-o)、座標、速度とオプションとして力が書き出されている。構造ファイル(-c)は、最後の座標と速度が書き出されている。エネルギーファイル(-e)には、エネルギー、温度や圧力などが書き出されており、それらの多くはlogファイルにも書き出されている。オプションとして座標は、圧縮したトラジェクトリ(-x)として書き出されている。
-dhdlは、自由エネルギー計算を行うときのみに使われる。

Full OpenMP support is only available with the Verlet cut-off scheme, with the (older) group scheme only PME-only processes can use OpenMP parallelization.
With thread-MPI, unless set on the command line, the number of MPI threads will automatically be set to the number of GPUs detected.

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