http://cgmartini.nl/cgmartini/ Martini 力場は分子動力学計算のための粗視化力場です。平均的に、4つの重原子を1つの粒子に置き換えます。この力場はシステマティックに決められて、極性と非極性の多くの化学複合体における自由エネルギー分割の再現に基づ…

今回はMD計算がどのように実行されるかを中心に読んでいく。引数は省略。変数t_stateを追えば、Gromacsのkernelが見えてくるはず！ ディレクトリ gromacs-4.6.5/src/kernel mdrun mdrunはGROMACSに含まれる主要な計算化学エンジンである。分子動力学計算に加…