Gromacsの解析にMDAnalysisを使ってみよう。

gromacsの計算結果から、MDAnalysisを使ってRMSFを求めてみる。非常に簡単!!!

#!/usr/bin/env python
import MDAnalysis
from MDAnalysis.analysis.rms import RMSF

topology='md_0_1.gro'
## PSF,CRD,PDB,GRO
trajectory='md_0_1.trr'
## DCD,XTC/TRR

universe = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)
calphas = universe.select_atoms('name CA')

target=RMSF(calphas)
target.run()
print target.rmsf