前回に引き続き、ProDyの記事。計算機で算出されるRMSFとPDBのB-factorはよく比較されます。結晶構造のB-factorが必ずしも正しいと言うわけではないですが...。新しいポテンシャルを開発した時などは結晶構造の揺らぎを再現出来ているかなど、一応チェックが…

MD屋さんなら素直にProDyを使ったほうがいいと思う今日このごろ...。計算式がわかっているなら、自分で書くのではなく、プログラムを見つけて実行の仕方を学ぶほうが良いと思う。だって、自分で書いても遅いんだもん…。てことで、今回はRMSF(Root mean squar…