おいも貴婦人ブログ

生物系博士課程満期退学をしたAIエンジニアのブログ。

gmxとMDAnalysisのrmsfの計算結果が合いません...。

この間、紹介したMDanalysisを使って、RMSFを求めてみたところ、やけに大きな値が出てたのでずっと疑問に思っていました。念のために

gmx rmsf -f trajectory.file -s toplogy.file

で計算した結果と比べてみると明らかに異なってました(10倍くらい...。)(もちろんMDanalysisの結果の単位はÅで、gmx rmsfの単位がnmであることも考慮して)。さらに、以下の式を使って、


\(B_i = \frac{8}{3}\pi^2RMSF^2_i\)
RMSFからb-factorを求めてPDBのデータと比べてみると、gmx rmsfの方が近い値になりました。MDanalysisを信じていいものか...。