gmxとMDAnalysisのrmsfの計算結果が合いません...。
この間、紹介したMDanalysisを使って、RMSFを求めてみたところ、やけに大きな値が出てたのでずっと疑問に思っていました。念のために
gmx rmsf -f trajectory.file -s toplogy.file
で計算した結果と比べてみると明らかに異なってました(10倍くらい...。)(もちろんMDanalysisの結果の単位はÅで、gmx rmsfの単位がnmであることも考慮して)。さらに、以下の式を使って、
\(B_i = \frac{8}{3}\pi^2RMSF^2_i\)