Caの原子番号を取得する gmx make_ndx -f filename.gro コマンドライン上で3のCa選ぶ。quitすると、index.ndxが出力される。 そのファイルの[ C-alpha ]の部分だけを残し、知りたい原子間のみを残す(偶数個でないとダメ)。以下は例 [ C-alpha ] 1 2 原子間の…