ProDyを使ってみよう.vol4!!!(B-factor)

前回に引き続き、ProDyの記事。計算機で算出されるRMSFとPDBのB-factorはよく比較されます。結晶構造のB-factorが必ずしも正しいと言うわけではないですが...。新しいポテンシャルを開発した時などは結晶構造の揺らぎを再現出来ているかなど、一応チェックが出来るわけですね。てことで、ProDyを使ってB-factorを取り出しましょう。

import prody

pdb=prody.parsePDB('1Z14.pdb',subset='calpha')
beta=pdb.getBetas()

これで終了です...。わざわざpdbファイルをparseするようなスクリプトを書くのはやめましょう...。（ちなみに私は３回位、pdbファイルをparseするようなスクリプトを書きました...。)