どうやら、Pythonには数値計算パッケージを集めたAnacondaなるものがあるらしい。Continuum Analyticscontinuum.io

グラフィカルにPDBをいじりたい時が誰しもあるものです。例えば、アミノ酸を掴んでちょっと移動や回転をさせるとか...。(PyMolで出来ます。)グーグルで'pdb editting'で調べると以下のソフトが...。 http://www.bioinformatics.org/pdbeditor/wiki/ ダウンロ…

ProDyを使って2つのpdbファイルを重ね合わせをして、結果のpdbファイルを書き出してみましょう。 1Z14.pdbにmodel1Z14.pdbを重ね合わせたいとと思います。1Z14.pdbは、N末端から38残基までの結晶構造がありません。model1Z14.pdbは、そのN末端をModellerを使…

ProDy — Protein Dynamics and Sequence Analysis ProDyとは、オープンソースのタンパク質の構造的なダイナミクスを解析するパッケージです。(直訳気味) ここでは、ProDyの簡単な使い方を紹介したいと思います。 早速インストール pip install prody pipでイ…