ProDyを使ってみよう.vol2!!!(重ね合わせ)

ProDyを使って2つのpdbファイルを重ね合わせをして、結果のpdbファイルを書き出してみましょう。
1Z14.pdbにmodel1Z14.pdbを重ね合わせたいとと思います。1Z14.pdbは、N末端から38残基までの結晶構造がありません。model1Z14.pdbは、そのN末端をModellerを使ってモデリングした構造です。ここではpdbをpdb2に重ね合わせます。

#! /usr/bin/env python
import prody
from prody import *

pdb=prody.parsePDB('model1z14.pdb')
pdb2=prody.parsePDB('1Z14.pdb')

outpdb1,outpdb2,seqid,overlap =matchChains(pdb,pdb2)[0] #重ね合わせるアミノ酸を探索
#print calcRMSD(outpdb1,outpdb2)
outpdb1,transformation=superpose(outpdb1,outpdb2)       #重ね合わせ
#print calcRMSD(outpdb1,outpdb2)

writePDB('aftermodel1z14.pdb',pdb)                      #内的にoutput1の座標情報はpdbを参照ているらしく、直接pdbの座標情報が書き換わっている。