PDBのタンパク質構造を描画するためのソフトウェアまとめ。
Protein Data Bank(PDB)は生物物理屋さんにとっては、お馴染みのデータベースです。その名の通り、タンパク質の立体構造のデータが収められています。データだけ見ていても仕方がないので、そのデータを可視化するソフトウェアが必要になります。人気なところはVMDやPyMolといったところでしょうか。しかし、美しいと思える絵を作りたくなるのが人の性でしょう。ここでは、VMDを始め他のソフトウェアのURLを紹介します。
- VMD - Visual Molecular Dynamics
- PyMOL Wiki
- Bioblender
- Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D
- RasMol and OpenRasMol
- BLUE STAR STING - Structural Bioinformatics Group - EMBRAPA/CNPTIA, Brazil
- UCSF Chimera Home Page
- POLYVIEW - 3D (Submission Form)
追記：
PDBでソフトウェアを紹介しているので、それを紹介します。
