ProDy — Protein Dynamics and Sequence Analysis ProDyとは、オープンソースのタンパク質の構造的なダイナミクスを解析するパッケージです。(直訳気味) ここでは、ProDyの簡単な使い方を紹介したいと思います。 早速インストール pip install prody pipでイ…

クラス内の変数にまとめてアクセスしたい時が多々あると思います。そう、私はあります。 そんなときに便利な__dict__が以下になります。この__dict__はクラス内の変数をディクショナリとして返してくれます。（もちろん。.keys()を使えば、クラスないの変数…

こんな感じ。オシャンティーです。何故か使えないマークダウンがあるので、追々調査します。

Welcome to django-helpdesk’s documentation! — django-helpdesk 0.1 documentationてことで、研究の進捗を管理しましょう。よくあるチケット管理システムは主にバグ管理システムも付いていてなんだかややこしそう。単純にちょっと高機能なTODOを使いたなら…

Pythonを使っていて、可変長引数を受け付ける関数でも、関数に代入する時点で引数を指定しなければならない。何を言っているのかと言うとコードを見てもらうと分かりやすいと思います。例えとして、setuptools.productを使う。 setuptools.productはこんな感…

とりあえず、新しいものには手を出していきましょう。 仮想環境のセットアップはお任せします。今回は本番サーバーに直接インストールしちゃいましょう。本当は、Chefでパッケージの管理をしたほうがいいんだけども、とりあえずお試しでやっちゃいましょう。…

インストール出来ても使えないと話にならないので、マークダウンを知りましょう。 Django / Wiki / Markdown Syntax 上記のサイトを参照しましょう。 ....................django-markdwonじゃない....。Markdown 2.6.2 : Python Package Index 多分こっちが…

追々追記:2015/04/30 画像などをアップロードしたときに、htmlからアクセスする必要があるので。 Apache側で設定をする。 Alias /static/ /var/www/cgi-bin/local/static/ <Directory /var/www/cgi-bin/local/static/> Order deny,allow Allow from all </Directory>________________________________ 追追記:2015/0…

この記事では、Django-zinnia-blogをテストサーバーを使ってテストするまでの過程を調べ紹介しています。本番のサーバーでデプロイする際は、さらに設定が必要となるのでご留意ください。また、この記事は、私の環境(Mac OS X,Xcodeをインストール済み)で行…

追記：2015/04/28 普通にパッケージを紹介しているサイトがありました。 Django Packages : Reusable apps, sites and tools directory _____________________________________________________________WebフレームワークであるDjangoでチュートリアルとして…

前回に続いて大沢統計をプログラミングしてみました。 内容は前回の記事とほぼ一緒です。最初にnum_person人にmoney=30をランダムで配ります。その後にランダムで選ばれた人が、ランダムに選ばれた人にmoney=1を渡すという過程を10000回繰り返します。結果と…

生物物理学分野の大御所、大沢文夫先生が執筆された『大沢流手づくり統計力学』の第1章の内容をプログラミングしてみました。大沢流 手づくり統計力学作者: 大沢文夫出版社/メーカー: 名古屋大学出版会発売日: 2011/08/10メディア: 単行本購入: 1人 クリック…

matplotlibを使って、y=xの直線を引くアニメーションを作成しました。初めて使う機能はシンプルであればシンプルである程いいと思うので、ソースも出来るだけシンプルに書きました。 #! /usr/bin/env python from matplotlib import animation as anim impor…

このプログラムでは、正規分布に従い乱数を発生させ、その値が負であるならば-1で正であるならば+1させます。これを時間発展させればランダムウォークの出来上がりです。 #! /Usr/bin/env python import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt fig=pl…

Hopfieldはアメリカの物理学者J.J. Hopfieldによって提唱された。一種の連想記憶モデルであり、パターンを学習させると、そのパターンを再起するというものである。Hopfieldネットワークは相互結合型のネットワークで、1つのノードは他のすべてのノードとつ…

サモンのマップ化とは、高次元特徴ベクトルを持つデータを２次元にマッピングして、クラスタリングする方法です。誤差関数を以下のように定義する。 \(E=\frac{1}{\sum_i \sum_{j>i}d_{ij}} \sum_i \sum_{j>i}d_{ij} \frac{(d_{ij}-||{\bf r}_i -{\bf r}_j||…

pythonのパッケージをお手軽にインストールできる。pipをインストールするためにsetuptoolsをインストールする。 sudo curl https://bootstrap.pypa.io/ez_setup.py -o - | python後は簡単、 sudo easy_install pippip の使用例: networkxのインストール sud…

これはオライリーの集合知プログラミングで出てくるサンプルプログラムを少々変えたものです。 内容はクラスがbicluster,関数がEuclidean,hcluster２つが宣言されているだけです。で最後に biclusterのオブジェクトを作成して内容を確認するだけです。だから…

すべてを理解しているわけではないので、とりあえずコードを載せときます。「納得!!」と思ったらまとめる予定。 cal_dot.c #include <Python.h> static PyObject* dot(PyObject* list1,PyObject* list2) { long size1=PyList_Size(list1); long size2=PyList_Size(list</python.h>…

python から２次元のリストを２つ投げて、行列の積を２次元のリストでを返すモジュールをCで書いてみました。buildはiccを使った時のものです。 #include <Python.h> #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <math.h> static PyObject* matrix(PyObject *matrix1,PyObject *matrix2) { l</math.h></stdlib.h></stdio.h></python.h>…