C-x C-fEmacsで上記のコマンドを入力すれば、ファイルを開くことが出来ます。URLの上で上記のコマンドを入力すると、そのURLを開いてくれる機能があり、その機能をC言語の開発に応用するのが、この記事の目的です。 #include "hoge.h" さて、目標とする挙動…

どのようにpdbファイルを読み込むかを中心にreadingしていく。引数は省略。 ディレクトリ gromacs-4.6.5/src/kernel pdb2gmx.c cmain() read_pdball() get_str_coordnum() init_t_atoms():typedef.c(atomを初期化） snew() /src/gmxlib/confio.c:read_stx_co…

$nvcc tmp.cu --compiler-bindir icc ビルド出来たら、終了…。 出来ない場合↓

この記事では、intelコンパイラーは既にインストール済みで、パスが通っていることを前提にしております。まずは、GROMACSのソースの入手し、圧縮ファイルを展開します。 $wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.6.5.tar.gz tar xvfz gromacs-4.…

Hopfieldはアメリカの物理学者J.J. Hopfieldによって提唱された。一種の連想記憶モデルであり、パターンを学習させると、そのパターンを再起するというものである。Hopfieldネットワークは相互結合型のネットワークで、1つのノードは他のすべてのノードとつ…

サモンのマップ化とは、高次元特徴ベクトルを持つデータを２次元にマッピングして、クラスタリングする方法です。誤差関数を以下のように定義する。 \(E=\frac{1}{\sum_i \sum_{j>i}d_{ij}} \sum_i \sum_{j>i}d_{ij} \frac{(d_{ij}-||{\bf r}_i -{\bf r}_j||…

pythonのパッケージをお手軽にインストールできる。pipをインストールするためにsetuptoolsをインストールする。 sudo curl https://bootstrap.pypa.io/ez_setup.py -o - | python後は簡単、 sudo easy_install pippip の使用例: networkxのインストール sud…